A 2ª Vara Criminal da Justiça Federal de Primeira Instância está compreendia dentro da estrutura do Poder Judiciário, que é um dos três poderes em que está dividida a estrutura político-administrativa da República Federativa do Brasil. Os outros dois são o Executivo e o Legislativo. Essa estrutura está definida no artigo 92 da Constituição da República Federativa do Brasil. Analisando-a temos o Supremo Tribunal Federal - STF, sediado em Brasília, como seu órgão maior, e sua competência está também definida na Constituição Federal de 1988, art. 102. Ao seu lado temos, também em Brasília, o Superior Tribunal de Justiça, tribunal superior com competência definida no art. 104 da Constituição Federal de 1988. Descendo a pirâmide temos, ainda, os Tribunais Regionais Federais, que são órgãos distribuídos por cinco regiões do país, previamente definidas, para melhor distribuir a Justiça no Brasil. Estes Tribunais têm suas competências definidas também na Constituição Federal de 1988, no artigo 108 e , logo abaixo deles, os Juízes Federais, distribuídos pelas Varas Federais do país vinculados aos Tribunais Regionais Federais de suas regiões.

As cinco regiões em que foram distribuídos os Tribunais Regionais Federais (TRF's) têm as seguintes sedes:

1ª Região: BRASÍLIA - DF
2ª Região: RIO DE JANEIRO - RJ
3ª Região: SÃO PAULO - SP
4ª Região: PORTO ALEGRE - RS
5ª Região: RECIFE - PE

O TRF da 4ª Região, com sede em Porto Alegre - RS, tem Jurisdição Federal sobre os três estados integrantes da região sul do Brasil, quais sejam: Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul.

A 2ª Vara Criminal da Justiça Federal de Florianópolis, portanto, é uma das Varas da Justiça Federal de primeira instância, composta por dois Juízes Federais (um titular e outro substituto) e um corpo de servidores auxiliares, tendo estes Juízes suas competências definidas no artigo 109 da Constituição da República Federativa do Brasil.

Estes Juízes têm a seu cargo a distribuição da Justiça nas áreas de suas Jurisdições, nas causas em que a União, entidade autárquica ou empresa pública federal forem interessadas na condição de autoras, rés, assistentes ou oponentes, exceto as causas de falência, as de acidentes de trabalho e as sujeitas à Justiça Eleitoral ou à Justiça do Trabalho, processando e julgando em primeiro grau de Jurisdição, pois o segundo grau, vale dizer, aquele para onde são remetidos os autos dos processos para terem apreciados os recursos eventualmente interpostos por qualquer das partes, é exatamente o Tribunal Regional Federal da respectiva região.